Елеонора Митрофанова е родена на 11 юни 1953 г. във Волгоград. Баща й, Валентин Митрофанов, е бивш високопоставен сътрудник на Госплан-а на Съветския съюз, а не "генерал от КГБ", както пишат някои непроверяващи докрай информацията си български сайтове. През 1975 г. завършва факултета по "Международни икономически отношения" в МГИМО. Защитава дисертация и получава степен "кандидат на икономическите науки", владее английски, френски и испански езици. Новият посланик на Русия в България започва дипломатическата си кариера през 2001 г. След това в периода 2004-2009 гг. оглавява Руския център за международно научно и културно сътрудничество (Росзарубежцентър, който след това се трансформира в Россотрудничество). В периода От 28 януари 2009 г. до 19 септември 2016 г. е постоянен представител на Руската федерация към ЮНЕСКО в Париж. Тя заменя Владимир Каламанов на този пост. На 23 ноември 2009 г. е избрана за председател на Изпълнителния съвет на ЮНЕСКО за периода 2010-2011. От юни 2011 г. до юли 2012 г. е председател на Комитета за световно наследство на ЮНЕСКО. Тук работи в тясна координация със своята някогашна състудентка в МГИМО Ирина Бокова, която по това време е директор на ЮНЕСКО. "Тя е учила в МГИМО в една и съща група с Ирина Бокова. Изключително близки са. Елеонора ще бъде крайно ефективна в България, защото познава всички", коментира пожелал анонимност събеседник пред едно руско издание.
През 2017-2020 г. Митрофанова отново оглавява Россътрудничество.
Елеонора Митрофанова има три деца, съпругът й Алексей Митрофанов е руски политик, депутат в Държавната дума в периода 1993-2016 г., член на Либералдемократическата партия на Жириновски (1991-2007) и на партия "Справелдлива Русия" (2007-2012).
Путин изпраща за посланик в България състудентка на Ирина Бокова
Бившият шеф на Россътрудничество Елеонора Митрофанова е назначена за посланик на Русия в България изаради изключително важните й контакти в България